Incydent przy Wrath Gate i Bitwa o Undercity.

Podczas gdy armie Przymierza i Hordy przygotowują się do bitwy przy Wrath Gate w Dragonblight, w Undercity wybucha powstanie zainicjowane przez Varimathrasa. Demon okazał się zdrajcą i wraz z Wielkim Aptekarzem Putressem przejmują władzę w ruinach stolicy Lordaeronu zabijając wszystkich, którzy się im przeciwstawią. Lady Sylvanas ledwo uchodzi z życiem i wraz z nielicznymi uchodźcami Forsaken ucieka do Orgrimmaru.

W tym momencie następują wydarzenia ukazane w prerenderowanym przerywniku filmowym. W konfrontacji z Królem Liszem ginie Saurfang the Younger, syn High Overlorda Saurfanga. W pewnym momencie wszystkim zgromadzonym ukazuje się Putress wraz z oddziałem katapult i zaczyna rozprzestrzeniać nową plagę, śmiertelną zarówno dla wojsk Króla Lisza jak i dla śmiertelników. Sam Arthas ledwo uchodzi z życiem i ukrywa się ponownie w swojej Cytadeli. Wiele żołnierzy Hordy i Przymierza ginie, w tym dowódca Highlord Bolvar Fordragon. Zanim jednak plaga rozprzestrzeni się dalej, nadlatują smoki z Królową Alexstraszą na czele i wypalają trujący gaz oraz niszczą katapulty Putressa. Sam Wielki Aptekarz zdołał jednak uciec.

Po zakończeniu odtwarzania przerywnika gracz widzi krajobraz po bitwie: płomienie, mnóstwo ciał i uciekających z krzykiem żołnierzy Hordy i Przymierza. Królowa Alexstrasza siedzi pośrodku pola walki. Gracz rozpoczyna u niej kolejny ciąg zadań. Gracze Przymierza mają za zadanie zabrać z pobojowiska tarczę Bolvara Fordragona a Hordy hełm Saurfanga. Dostarczają przedmioty odpowiednio do Króla Variana Wrynna w Stormwind i High Overlorda Saurfanga w Warsong Hold.

Król Varian wpada we wściekłość. Jego furię stara się powstrzymać obecna w Stormwind Keep Lady Jaina Proudmoore. Dzięki jej namowom, Król wyraża zgodę na misję dyplomatyczną do Orgrimmaru. Także Saurfang wysyła gracza Hordy do Orgrimmaru zgodnie z rozkazem Thralla.

Tymczasem w stolicy orków przedsięwzięto nadzwyczajne środki ostrożności. Dodatkowe jednostki żołnierzy z plutonu Warsong czuwają nad bezpieczeństwem miasta i ściągających z zeppelina uchodźców z Undercity. Wydano rozkaz wstrzymania sprzedaży i wszelkiej działalności usługowej w obawie przed konfliktem z Przymierzem. Sprzedawcy są zbulwersowani, sytuację tłumaczy im Overlord Runthak mówiąc o tragicznym incydencie w Northrend i zagrożeniu wybuchem wojny.

Ten quest to jedyna okazja dla graczy Przymierza na swobodne zwiedzenie Orgrimmaru bez obawy o swe życie.

Po dotarciu do sali tronowej Thralla ma miejsce rozmowa Warchiefa, obecnej tam Lady Sylvanas Windrunner i przybyłej portalem Jainy Proudmoore. Sylvanas tłumaczy zaistniałą sytuację Jainie mówiąc, że to nie Horda stoi za atakiem przy Wrath Gate a Varimathras i Putress. Wyjaśnia, że Horda straciła Undercity i teraz przygotowuje wojska do bitwy, by odzyskać miasto. Jaina wyraża obawę, że Varian powodowany furią po śmierci Bolvara podejmie pochopne decyzje o wojnie z Hordą. Thrall zapewnia Jainę, że konflikt z Przymierzem nie jest w jego interesie.

Kolejne zadania kierują graczy do Undercity. Wojska Thralla i Hordy nacierają głównym wejściem, Przymierze i Varian wkraczają kanałami. Po podjęciu następnego zadania rozpoczyna się epicka batalia. Głównym celem wojsk Hordy jest Varimathras, Varian i Jaina kierują się natomiast do siedziby Królewskich Aptekarzy by ukarać Putressa. W trakcie walki gracz jest praktycznie nieśmiertelny dzięki buffom rzucanym przez liderów natarcia.

Drogę do podziemi Lordaeronu nowi włodarze Undercity zagrodzili legionami demonów i poddanych im nieumarłych. Po jakimś czasie jednak wojskom Hordy i Przymierza udaje się wedrzeć do miasta. Horda naciera na salę tronową, w której okopał się Varimathras. Przymierze atakuje siedzibę Putressa w Apothecarium. Gdy po długiej walce Wielki Aptekarz pada martwy, Varian słyszy wojenne zawołanie Thralla oznaczające, że Hordzie również powiodło się natarcie i odzyskali miasto.

Powodowany furią Varian postanawia zabić Warchiefa, Jaina chce go powstrzymać. Ostatecznie Król jednak rusza do Sali tronowej wraz z wojskami Przymierza. Tam konfrontuje się z Thrallem, Sylvanas i żołnierzami Hordy. Zanim jednak bitwa na dobre rozgorzała, do sali wpada Jaina zamrażając wszystkich w miejscu i mówiąc, że nie musiało do tego dojść. Teleportuje następnie wszystkie jednostki Przymierza do Stormwind.

Varian przy końcu ostatniego zadania oznajmia, że nie zamierza dłużej utrzymywać takiego „pokoju” z Hordą i chce zobaczyć, co przyniesie wojna. Thrall natomiast jest rozgoryczony całym zajściem i obawia się, że skończyły się czasy, kiedy Przymierze i Horda stawały ramię w ramię do bitwy przeciwko wspólnemu wrogowi. Jest jednak pewien, że nie należy ustawać w marszu ku Icecrown i siedzibie Arthasa.